И заметьте - только в php.ini, а не в конфиге апача, как иногда хочеться сделать.
disable_functions="popen,exec,system,passthru,proc_open,shell_exec"
Но если Вам отключение функций для консольного варианта PHP не подходит, можно воспользовать следующей возможностью:
1. Копируем свой конфиг php.ini, ну например к конфигу апача. У меня это лежит здесь - /usr/local/etc/apache22/
2. Правим в этом конфиге опцию disable_functions как Вам надо.
3. В конфиг apache добавляем cледующую строку:
PHPIniDir /usr/local/etc/apache22
4. Перезапускаем апач - apachectl restart
возможно у Вас отключен javascript, если включен - просто обновите страницу